ესტონეთის მდინარეები ძალიან მცირეა და ქვეყნის შვიდ ასეულ მდინარეს შორის მხოლოდ ცხრას შეუძლია დაიკვეხნოს ასი კილომეტრის ნიშნის დაძლევით.
მდინარე პიუსა
პიუსა გადის ორი სახელმწიფოს - ესტონეთის რესპუბლიკისა და რუსეთის ტერიტორიებზე. მდინარის კალაპოტის საერთო სიგრძე ოთხმოცდათორმეტი კილომეტრია. განყოფილება ასეთია: ესტონეთი ფლობს პიუსას ოთხმოცი კილომეტრს; რუსეთის ტერიტორიის წილი მცირე ცამეტი კილომეტრი იყო. წყალშემკრები აუზის საერთო ფართობია 796 კვადრატული კილომეტრი.
მდინარის წყარო მდებარეობს ესტონეთის მიწებზე ალასირვის ტბის წყლებში (სოფელი ვილა, მდებარეობს სამხრეთ -დასავლეთით სოფელ ვასტელინადან - თორმეტი კილომეტრი). მდინარის პირი არის პეიფსის ტბის სარკე, სოფელ ბუდოვიჟის მახლობლად. შესართავთან პიუსუ იყოფა და ტბაში ჩადის ორ ტოტად.
მდინარის შუა კურსი - თვრამეტი კილომეტრი სოფლებს ვასტელინასა და საეტამეს შორის - გადის ულამაზეს ღრუზე. ის გახდა ის ადგილი, სადაც რეზერვი მოეწყო. იგი დაარსდა 1965 წელს და მოიცავს ტერიტორიას საერთო ფართობით ცხრა კვადრატულ კილომეტრზე.
მდინარე ვაჰანდუ
ვაჰანდუ არის რესპუბლიკის ყველაზე გრძელი წყლის გზა. მისი საერთო სიგრძე უტოლდება ას სამოცი ორ კილომეტრს. ვაჰანდუს წყარო მდებარეობს ესტონური დასახლების სავერნასთან ახლოს. ამის შემდეგ ის გადადის ჯიქსის ტბის სიღრმეში და ასრულებს მოგზაურობას, რომელიც აკავშირებს თბილი ტბის წყლებს. ეს ხდება სოფელ ვიპსუს მახლობლად.
აღსანიშნავია, რომ ვაგულას ტბამდე მოსახლეობა ამ მდინარეს პიჰაჯოგს უწოდებს, მაგრამ მისი წყლებიდან გამოსვლის შემდეგ - ვოო.
გემები მიედინება მდინარის გასწვრივ იმ მონაკვეთის გასწვრივ, რომელიც ესაზღვრება პეიპსის ტბას და პორტს, რომელიც მდებარეობს სოფელ ვაპსუს ტერიტორიაზე. მრავალი ნაკადი არის ვაჰანდუს წყლის მთავარი მიმწოდებელი.
მდინარე ფარნუ
პარნუ არის ესტონური მდინარე, რომლის საერთო სიგრძეა ას ორმოცდაოთხი კილომეტრი. წყალშემკრები აუზის საერთო ფართობი თითქმის შვიდი კვადრატული კილომეტრია. მდინარის წყარო არის მინიატურული ტბა საგაზაფხულო წარმოშობით (როსნო-ალიკუდან არც თუ ისე შორს), მაგრამ ის ამთავრებს პარნუს მარშრუტს, მიედინება პერნუსის ყურის წყლებში (რიგის ყურის ნაწილი, ბალტიის წყლის ტერიტორია) რა
მდინარე შერეულად იკვებება. და თუ ზედა დინებაში მიწისქვეშა წყლები მომწოდებლები ხდებიან, ქვედა წელში წვიმებია. მდინარე ყოველთვის არ იყინება ზამთარში. თუ ეს მოხდება, მაშინ ყინული იქმნება დეკემბრის მეორე ათწლეულიდან და გრძელდება მარტის ბოლომდე.
მდინარე ნავიგაციაა მხოლოდ მისი შესართავის ადგილის მახლობლად. მდინარის კალაპოტი კაშხლებით არის გადაკეტილი თერთმეტ ადგილას.
